A mediados de la década de 1970, para eludir el ambiente urbano, Francisco Gabilondo Soler decide retirarse al pueblo de San Miguel Tocuila, cerca de Texcoco. Ahí, se consagra a la astronomía, a la matemática y a la lectura hasta el fin de sus días. Francisco José Gabilondo Soler falleció el 14 de diciembre de 1990 de un ataque cardiaco.